به گزارش آوای استقلال، سبحان خاقانی در لیگ بیست و یکم به عنوان یک پدیده نامش را مطرح کرد اما او در تمرینات پیش فصل لیگ بیست و دوم رباط صلیبی پاره کرد و یک فصل کامل را دور از میادین بود.
آخرین بازی خاقانی برای استقلال مربوط به بازی با مس رفسنجان در هفته ماقبل پایانی لیگ بیست و یکم می شود و او در بازی با صنعت نفت بعد از ۴۴۴ روز، این فرصت را پیدا کرد تا دقایقی برای آبی ها به میدان برود.
گفته می شود نکونام به سبک بازی سبحان خاقانی اعتقاد دارد و احتمال اینکه او در بازی های بعدی بیشتر بازی کند، زیاد است.