فریده شجاعی به صورت همزمان عضو هیات رئیسه فدراسیون فوتبال و هیات مدیره باشگاه استقلال است و انتقادهای زیادی بابت تعارض منافع به وی وارد است.
شجاعی در حاشیه سمینار داوری پیش فصل در پاسخ به این موضوع اظهار داشت: به من گفته‌اند حضور همزمانم در فدراسیون و استقلال تعارض منافع است. هر چه تصمیم بگیرند من تابع تصمیم مسئولان هستم.
وی به حضور مرضیه جعفری سرمربی تیم ملی فوتبال در یک آکادمی نیز واکنش نشان داد و گفت: من شخصاً فکر می‌کنم تعارض یا تضاد منافعی وجود ندارد. او در آکادمی مشاور است. به هر حال چون مربی خانم در سطح بالا در کشورمان بسیار کم داریم، اگر بخواهیم به یکباره آکادمی‌ها و باشگاههای مان را تعطیل کنیم تیم های ملی مان ضعیف می‌شود. اگر در تیم ملی از مربیان با تجربه استفاده نکنیم، باشگاههای ما ضعیف می‌شود. امسال هم باشگاههای آسیا را پیش رو داریم و هم تیم ملی بازی‌های مهمی را پیش رو دارد. باید تدابیری اندیشیده شود تا بتوانیم از خانم جعفری به نحو احسن استفاده کنیم تا جوان‌ها بهره‌مند شوند.
