به گزارش آوای استقلال، باقری که به دلیل مشاوره‌های هدف دار و سودجویانه سر از دفتر باشگاه پرسپولیس درآورد، با اخطار باشگاه استقلال به قرمزها مجبور شد به آکادمی استقلال برگردد.
اما دوستان ناباب و مشاوران فرصت طلب دست از سر این بازیکن برنداشتند و او را تشویق به بی انضباطی در اردوی تیم ملی جوانان کردند. تکرار این بی انضباطی‌ها باعث کنار گذاشتن باقری توسط صمد مرفاوی شد و بعد از آن نیز ساپینتو او را از سفر به ترکیه خط زد تا در تهران تمرین کند و به خودش بیاید.
با اینحال باقری در این مدت تمرینات را رها کرد و دچار اضافه وزن شد. او مدتی هم در کنار آلومینیوم اراک حاضر شد و به تماشای تمرینات این تیم پرداخت. یکی از نکات منفی باقری علاقه او به فضای مجازی است که باعث شده از فضای ورزشی و پیشرفت دور شود.
مدیران استقلال بارها به باقری در این مورد تذکر داده و تلاش کرده‌اند او به مسیر درست هدایت کنند اما تاثیر منفی مشاوران و اطرافیانش مانع بزرگی به حساب می‌آید. با وجود شایعاتی که در مورد صدور رضایتنامه باقری توسط باشگاه منتشر شده، مدیران استقلال همچنان امیدوارند تا با صحبت و گفت‌وگو او را از سقوط به دره‌ای مهلک نجات بدهند و بتوانند زمینه ساز حضورش در تمرینات تیم بزرگسالان شوند چرا که کار کردن زیر نظر ساپینتو قطعا او را از حواشی و زندگی غیر ورزشی دور می‌کند.
